R 3.5.0 pour Ubuntu

Les packages d’installation R 3.5.0 pour Ubuntu Xenial (16.04) n’existent pas encore sur les sites miroir ubuntu. Existe-t-il une autre méthode pour mettre à jour R vers 3.5.0 sur ubuntu xenial? Sinon, existe-t-il une méthode différente pour mettre à jour R vers 3.5.0?

Les R 3.5 ne sont actuellement disponibles que depuis un PPA, car certains paquets de CRAN ont des problèmes de compilation avec R 3.5.

Procédez à vos risques et périls.

La procédure qui a fonctionné pour moi est la suivante:

  1. Supprimez tous les packages r-cran-* de votre système (YMMV, j’installe généralement les packages à partir du code source et en ai très peu).

    • Chercher avec dpkg -l | grep r-cran- dpkg -l | grep r-cran-
  2. Ajouter le PPA de Michael Rutter :

     sudo add-apt-repository ppa:marutter/rrutter3.5 sudo apt-get update 
  3. Mise à niveau r

     sudo apt install r-api-3.5 
  4. Installez tous les paquetages dont vous avez besoin depuis le source (vers une bibliothèque personnelle ou une bibliothèque de site via install.packages() ) ou en installant le r-cran-* Ubuntu correspondant.

    J’utilise le script suivant pour réinstaller tous les packages de la bibliothèque de mon site personnel pour R 3.4:

     installed <- rownames(installed.packages()) pkgs <- dir("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4") new <- setdiff(pkgs, installed) new install.packages(new) 

    Si vous avez une machine avec plusieurs processeurs, vous pouvez accélérer le processus, par exemple:

     install.packages(new, Ncpus = 6) 

Les références

  • Réponse de Dirk Eddelbuettel à une demande similaire sur la liste de diffusion R-SIG-Debian

  • SO question connexe

Le site CRAN a été mis à jour depuis la réponse de @ krlmlr début juin: https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/ .

Les instructions CRAN comportent plusieurs étapes, mais le résumé indique que le fichier sources.list doit faire référence à un référentiel spécifique à la version 3.5. L’entrée est quelque chose comme

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/

au lieu de l’entrée précédente (sans version) de

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/

La description pertinente du site Web (qui changera éventuellement):

Au 11 juin 2018, les versions sockets en charge étaient Xenial Xerus (16.04; LTS), Trusty Tahr (14.04; LTS) et Bionic Beaver (18.04; LTS). Remarque: pour installer les packages R 3.5, une entrée différente de sources.list est nécessaire. Voir ci-dessous pour plus de détails.